自然科学专技C类和B类的主要区别在于研究方向和应用领域。C类通常更侧重于基础研究和纯科学，探索自然界的未知规律和现象，如物理、化学、生物等基础学科研究。

而B类则更偏向于应用研究和技术开发，将自然科学原理应用于实际生产和社会发展中，如工程技术、农业科技、医学应用等。两者各有侧重，相互补充，共同推动自然科学的发展。