南京慈善机构申请救助需要遵循一定的流程。首先要准备好相关材料，包括申请表、组织机构代码证明、营业执照、法人身份证等证明文件。

接着，可以联系当地的慈善组织或政府扶贫办公室，提交申请并说明救助的具体情况。

申请得到批准后，慈善组织或政府会提供相应的救助措施。

申请人要保持联系，及时了解救助进展情况。