初中毕业证学校一般不会保留。毕业证（无论是初中毕业证还是高中、大学）是学生在学校学习期满成绩合格的见证，在学生毕业时就应该发放到学生手中由学生保存，学校一般不会保留学生的毕业证。对于一时不能返校领取毕业证的学生，毕业证一般是交由班主任或学生处暂时保管。