公司需要员工填写专项扣除是为了根据个人实际情况进行个税计算，达到应税所得和实际应纳税额的匹配。个税应按照应税所得额逐级累进计算，扣除越多，纳税额越低。常见的专项扣除包括子女教育、住房租金、赡养老人、住房贷款利息及房租、继续教育等，填写后可以降低个人的纳税额，提高实际的收入。

因此，公司要求员工填写专项扣除是为了让员工享受到优惠，同时也有助于员工更加了解税法并提高税收合规意识。