可以，肠镜检查医保可以报销。如果是在门诊进行的肠镜检查，超过600元的起付线后能用医保统筹账户报销；如没超过起付线，而且医保卡个人账户里面没钱了，那么相关医疗费用只能由参保人自己支付。但是，如果是因为较重疾病住院，而必须需要进行肠镜检查，则可以用医保统筹账户报销。