是的，重庆甲减可以申请慢性疾病医保。甲状腺功能减退（甲减）属于慢性疾病补助范围，通常需要长期甚至终身服用左甲状腺激素进行治疗。为了申请慢性疾病医保，您需要去当地居委会领取慢性病就诊卡申请表，并如实填写，同时提供真实有效的病历、化验及检查报告单等资料。经过确认后，由市医疗保险经办机构发放慢性病就诊卡。从领取慢性病就诊卡之日起，您就可以凭此卡享受规定的门诊补助待遇。

请注意，具体的医保政策和申请流程可能因地区和个人情况而有所不同。建议您咨询当地医保局或相关部门，以获取最准确的信息和指导。