垦区实行两种管理体制，一种是省部共管，一种是省市县管理。黑龙江垦区和广东垦区，是省部共管的直属垦区，特别是黑龙江垦区是最大的垦区。它的财政预算和部分的基本建设投资、国有资产监管，是由中央部门负责、其他的干部管理、党的关系等是由地方党委和政府负责。这就是通常所说的省部双重管理、以省为主的管理体制。