为避免PDF版论文查重时脚注对相似度检测结果的影响，可以将论文的脚注转化为文本并将其并入正文中，在引用其他文献时采用简化引用方式如(author, year)以避免脚注的干扰。

同时，还可以在提交前针对论文中可能存在的引用相似度进行判断，如选择使用Plagiarism Checker等专业工具进行自我审查。这些措施能够最大限度地减小脚注对PDF版论文查重的影响，保证论文的真实可靠性。