京东小店和京东企业店的不同在于经营主体不同，小店是由个人创业者开设，企业店是由正规的企业出资开设的。

京东小店通常会有更小的店面和规模，并且商品种类和数量较少，主要经营的是一些小众商品和特色商品。

而京东企业店则规模更大，商品种类丰富，经营的是大众化的商品和品牌。

此外，京东企业店的售后服务和保障也更加完善。

而且，京东小店和企业店的合作方式也不一样，小店较多使用托管模式，由京东平台提供相关的服务和支持，企业店则更多地使用自营或准自营的方式进行经营。