知网查重时，PDF格式的参考文献被标红可能有以下几个原因：

格式错误：参考文献的格式需要符合学校或期刊的要求。如果格式不正确，查重系统可能无法正确识别参考文献，从而导致内容被标记为红色123。

内容敏感：如果参考文献中包含敏感词汇，如政治敏感、色情等内容，查重系统可能会将这些内容标记为红色，以提示作者进行修改或删除12。

数据不完善：有些新的研究方向、学科领域或特殊的研究对象可能还没有被完全收录到查重系统中，这可能导致系统无法正确识别参考文献，从而将其标记为红色12。

算法识别错误：查重系统的算法可能无法完全准确地识别参考文献，这可能导致参考文献被错误地标记为红色1。

引用内容未规范：即使是参考文献部分，如果引用的格式不规范（如缺少引用标志、页码等），或者引用的内容过长，系统可能会将其视为正文内容进行查重3。