如果上海农村家庭只有一个宅基地，且拥有两个户口，可以先通过调查了解各户口成员的实际居住情况和经济状况，然后进行协商，并提交给当地镇政府、村委会进行审核。

如果经审核认定有必要分割宅基地，可以按照相关程序进行分割，划分出对应的住宅面积和土地使用权。

但也有可能在审核和协商后认为不必分割，则需明确户主和成员的使用和管理权限，以避免日后产生纷争。