济宁市的个体营业执照丢失时的注销流程如下：

发布遗失声明。由于营业执照丢失，需在当地报纸上发布遗失声明1。

准备注销所需的文件。包括经营者的身份证复印件、如果委托他人办理，还需提供委托书和被委托人的身份证1。

清税证明。若执照为两证合一且印有统一社会信用代码，则需开具清税证明1。

银行销户。确保公司银行账户中的钱已全部转走23。

税务局注销。先到税务局进行验票，然后申请税务事项通知书的核准注销23。

工商局注销。携带相关文件和税务事项通知书到工商局注销营业执照23。

银行和印章注销。完成银行销户，如有未开具的空白发票需处理，并销毁公章等印章34。

公示系统操作。通过“国家企业信用信息公示系统”进行相关操作，如营业执照作废声明等5。

整个过程需要确保所有手续齐全，按照相关法律法规和流程逐步进行。