司法鉴定结论明显错误可通过申请复议或提起行政诉讼来认定。申请复议需向鉴定机构提出书面申请并提供相关证据材料。如果鉴定机构维持原结论，可向上级主管部门申请复议。如仍不能解决，可向人民法院提起行政诉讼请求撤销鉴定结论。

在诉讼过程中，申请人需提供相关证据证明结论错误，法院将进行证据审查和勘验鉴定，最终判决是否撤销结论。