水藻的种类繁多，涵盖单细胞绿藻、硅藻、蓝藻（蓝绿藻）、裸藻、甲藻、金藻、黄藻、褐藻、红藻等多个类别。常见种类如色球藻、矽藻、蓝藻（如螺旋藻）、绿藻（如小球藻）、丝藻、黑毛藻、褐藻（浒苔）等。