扬子鳄是通过内受精的方式生蛋宝宝的。雄性鳄鱼会在交配期间通过后肢的触手状器官将精子传输给雌性鳄鱼的生殖道。

雌性鳄鱼会将受精卵存放在卵巢中，并在适当的时候通过产卵道排出来。

孵化期通常为50-70天，孵化出的小鳄鱼通过内卵黄酵母的方式吸收所需要的养分，直到自行破壳而出。扬子鳄通常会在孵化的过程中提供一定的保护措施，帮助幼鳄鱼成功孵化并生存下去。