公积金按照最低基数缴费是合法的。根据《住房公积金管理条例》的规定，住房公积金的缴存基数是依据职工上一年度月平均工资来确定的。具体比例为 5% 至 12%，企业可以根据自身情况选择合适的比例。

然而，需要注意的是，公积金缴存有一个范围，即上、下限。缴存金额按照职工本人上一年度月平均工资乘以住房公积金缴存比例（计算到元，元以下四舍五入）确定。年度住房公积金月缴存额设上、下限，具体金额根据实际情况而定。

总之，只要企业在规定的范围内按照职工的实际工资基数进行公积金缴纳，那么这种做法是合法的。但企业不能一直按照最低基数缴费，需要根据职工上一年度的平均工资进行调整。同时，个人可以向单位提出调整公积金缴存基数的申请，但需符合单位的缴存比例要求。