建筑业甲方代付承包方工人工资，个税是按将扣除个税后的金额发放到工人账户的。个税由交纳义务人负责申报缴纳。义务人可以是单位，也可以是个人，根据建筑业各所地区实际情况而定。义务人一般由甲方承担，需要根据当地税务部门规定，在支付工资时做好个税代扣义务，并由所属税务部门监督并进行抽查。

通常情况下，甲方通过专门的税务代扣实现对承包方工人工资的个税代扣。此外，为了保证甲方的合规缴纳，可以按要求向税务部门提交工资代扣凭证，以加强对税务的管控。