双系统分别在两个硬盘不能单独启动的问题是因为系统的启动需要通过BIOS来读取硬盘的启动程序。如果两个硬盘都插在电脑上并且启动时没有手动选择要启动哪个硬盘，那么BIOS会默认选取其中的一个硬盘来启动系统。因此，即使另一个硬盘上也有系统，但由于BIOS没有选定，所以不能单独启动。要想让两个硬盘上的系统能够单独启动，需要在启动时手动选择要启动哪个硬盘。