如果在香港港澳通行证掉了，需要尽快到当地公安局或出入境管理部门申请补办。需要携带身份证明文件、照片等相关材料，并填写相关申请表格。

申请过程中需要缴纳一定的申请费用，具体费用标准可咨询当地相关部门。办理时间一般为7-10个工作日，如果急需出行，可以申请加急服务，但需要额外缴纳加急费用。