对于三层自建房的基础做法，首先需要进行地基处理，确保地面平整坚实，然后进行基础打桩，用钢筋和水泥混合物在打桩的位置进行灌注，形成混凝土桩基础。

接着进行地下室外墙的浇筑，使用预制钢筋网格加强混凝土的强度，同时也要进行墙体防水处理。最后进行一楼和二楼的砖墙砌筑，为建筑提供更好的支撑。总之，基础工程是保证建筑安全稳定的重要环节。