沼泽过滤周转箱底层溢流可以通过以下方法进行处理：首先要及时清除底部溢流，排放到储存池中；

其次，考虑增加底部溢流池的容积，避免溢出的情况发生；

再次，可以增加沼泽工艺中的填料，增加过滤能力，减少底部溢流情况的发生；

最后，对于长期存在底部溢流现象的沼泽过滤周转箱，需要重新设计底部结构，加强排污和过滤效果。