南京慢性病线上办理的流程如下：

微信搜索“南京卫生12320”公众号，然后点击进入并关注。

在下方的菜单栏中点击“健康服务”-“在线预约”。

选择就诊医院。

在微网站页面，找到点击“更多服务”。

选择点击“慢性病申报”。

点击在线申请慢性病。

点击“下一步”，完善个人信息即可。

以上就是办理南京慢性病的线上办理流程，如果对具体的步骤仍有疑问，可以咨询医院的工作人员。