南京有不少特色的地铁站，其中较为著名的是中华门站和雨花台站。中华门站以明代建筑线条设计为灵感，采用了类似古建筑角楼、阳台等元素，利用灯光和壁画营造出浓厚的文化氛围。

雨花台站则借鉴雨花台的行军纪念碑和人民雕像，以历史文化为主题，整个地铁站内外都采用石材、玻璃等现代材料突显经典设计元素。

此外，同曦南路站的拱形设计、线路五号站的繁华商业区以及尧化门站的烟袋斜街文化等也各具特色，让地铁出行不再单调乏味。