公司两个U盾都在一个人手里是合法的。

根据相关法律条例规定，必须两个操作员去申领U盾，并当面交付密码信封，银行为了防止一个人动用两个U盾，也是为了企业的资金安全着想。但公司两个U盾都由一个人保管时，存在较大的风险，如果这个人私自挪用公司资金，会造成公司的损失。

因此公司两个U盾分开保管，一个由出纳保管，负责付款，另一个由会计保管，负责复核。