以下是深圳货运资格证网上申请流程：

1. 在深圳市交通运输局官网（http://www.szjt.gov.cn/）进入“网上服务”栏目，点击“货运从业资格证”进入申请页面。

2. 点击“新办申请”按钮，填写个人信息、从业资格申请信息、联系人信息等，上传证件照片及其他相关材料。

3. 缴纳申请费用后，等待审核。

4. 审核通过后，支付证书费用，证书将会寄送到您填写的联系地址。

申请流程可能会因政策法规、官网数据更新等原因，随时发生变化，请以深圳市交通运输局官网实际公布的申请流程为准。