根据《烟草专卖法》及其实施细则的规定，只有获得了“烟草专卖零售许可证”的单位才能合法销售烟草制品。

因此，便利店和水果店如果想要合法销售烟草制品，需要先申请烟草专卖零售许可证。在申请时，需要提供相关材料，比如营业执照、经营场所证明、经营者身份证明等。

同时，申请人需要符合一定的条件，比如要年满18岁、无违法犯罪记录、无吸烟禁令等。

如果符合条件并且申请材料齐全，就可以向当地烟草专卖局或烟草专卖零售管理服务机构申请办理烟草专卖零售许可证。因此，便利店和水果店是可以办理烟草证的，但前提是要先获得烟草专卖零售许可证。