如果车辆在年检期限内未通过年检，发生了事故，通常情况下保险公司不会支付赔偿，因为未通过年检违反了交通法规。

如果车主可以证明事故与年检无关，比如由于对方驾驶错误而造成的事故，那么保险公司可能会考虑支付赔偿。但车主需要提供充分的证据支持自己的主张，并可能需要进行长期纠纷解决程序。因此，为了避免不必要的麻烦，建议车主及时进行年检，确保车辆符合交通法规要求。