医巫闾山的历史可以追溯到唐尧禹舜时期，其名字在虞舜时期就有记载。

医巫闾山被认为是由神来主宰的，凡是天体的自然现象、人世间改朝换代等大事，都与神有关。因此，历朝历代对名山大川非常崇拜，不断对其进行加封祭祀，医巫闾山也被选中，被认为是天帝派遣保护辽河流域的天神。

此外，医巫闾山得名于东胡鲜卑语的谐音“医巫闾”，意为“神农的故乡”。在今天的医巫闾山，仍然有大量珍稀动植物和药材资源，是名副其实的一座巨大的药房。