在连接两组电池到控制器时，需要确保正确连接到控制器的电源输入端。通常，控制器会有明确的正负极标识，比如“+”代表正极，“-”代表负极。每组电池的正极应连接到控制器的正极输入端，负极连接到负极输入端。如果控制器有多个电池接入端口，应确保每组电池分别接入相应的端口。在连接过程中，务必注意安全性，避免短路或接错导致设备损坏或安全风险。同时，务必遵循设备的使用说明书或咨询专业人士，以确保连接正确无误。

以上内容仅供参考，在实际操作中，建议咨询专业人员或参考设备说明书，确保安全和正确性。