根据交通管理部门规定，交通违章罚款在缴纳后会同步扣除相关的驾驶证分数。因此，交纳了12123违章罚款后，应该会同时扣除驾驶证上的部分分数。需要注意的是，不同类型的违章，扣分比例也有所不同，具体扣除多少分需要根据具体的交通违章情况来进行计算。逾期未处理罚款或未缴纳罚款的违章将会影响驾驶人的驾照办理、注册等相关事项。