如果公司进行了减资，但尚未处理相关财务报表，那么在编制年度报告时可能会遇到一些挑战。首先，需要明确的是，年度报告是对外披露的重要文件，必须保证准确、完整和规范。因此，在提交年度报告之前，必须确保所有财务报表已经得到妥善处理。

针对公司减资的情况，以下是一些可能的步骤和建议：

尽快处理减资财务报表：公司应尽快完成减资相关的财务报表处理。这可能涉及更新资产负债表、利润表和现金流量表等，以反映减资后的财务状况和经营成果。

与审计师或会计师沟通：如果公司尚未完成减资财务报表的处理，建议与审计师或会计师进行沟通，了解如何正确反映减资对公司财务状况的影响。他们可以提供专业的指导和建议，确保报表的准确性和合规性。

延迟年度报告提交：如果由于减资财务报表未处理而无法按时提交年度报告，可以考虑向相关监管机构申请延迟提交。但请注意，延迟提交可能需要满足一定的条件和程序，因此建议提前与监管机构沟通并了解相关要求。

附加解释说明：在年度报告中，可以附加一份解释说明，详细解释公司减资的原因、过程以及尚未处理财务报表的原因。这有助于读者更好地理解公司的财务状况和经营情况。

总之，对于公司减资财务报表未处理的情况，最重要的是尽快采取行动，确保在提交年度报告之前完成相关处理。同时，与相关专业人士和监管机构保持沟通，以确保报告的准确性和合规性。