能。

农村合作医疗可以在北京报销，前提是要到国家指定的正规的甲等医院。

法律依据

《中华人民共和国城镇职工基本医疗保险条例》

第一条为保障城镇从业人员的基本医疗，合理利用医疗资源，根据国家的有关规定，结合本省实际，制定本条例。

第四条基本医疗保险费由用人单位和从业人员双方共同负担。

第五条基本医疗保险原则上以市、县、自治县为统筹单位，实行属地化管理。

第六条基本医疗保险费由本省地方税务机关（以下简称征收机关）征缴。