呼吸系统（Respiratory System）是执行机体和外界进行气体交换的器官的总称。

呼吸系统功能主要是与外界的进行气体交换，呼出二氧化碳，吸进新鲜氧气，完成气体吐故纳新。

呼吸系统包括呼吸道（鼻腔、咽、喉、气管、支气管）和肺。其他动物如昆虫的呼吸系统功能非常简单，对于两栖动物而言，他们的皮肤甚至也对气体交换至关重要。植物也有呼吸系统，但是气体交换的方向性可以与动物的气体交换方向相反，而且植物叶片背面的气孔结构也属于其呼吸系统的一部分。