杭州京杭大运河水上巴士和游船都是游览京杭大运河的方式，但它们之间还是有一些区别的：

1. 交通工具：水上巴士是一种公共交通工具，类似于公交车，按照一定的路线和时间表进行运营；而游船则是一种旅游观光船只，按照旅游观光的路线和行程进行运营。

2. 航线和站点：水上巴士的航线和站点比较固定，一般沿着大运河的主要航线行驶，站点也相对较少；而游船的航线和站点则更加灵活，可以根据游客的需求和喜好进行安排，通常会停靠一些著名的景点和历史遗迹。

3. 服务内容：水上巴士是一种公共交通服务，主要提供乘客从一处到另一处的水上出行服务；而游船则是一种旅游观光服务，除了提供水上出行服务外，还提供导游解说、餐饮、娱乐等多种服务。

总的来说，水上巴士和游船的区别在于交通工具、航线站点和服务内容等方面。游客可以根据自己的需求和喜好选择适合自己的游览方式。