经营性自建房安全鉴定合格证明需要填写的主要内容包括：房屋的地址、建筑结构、建筑年限、使用性质、建筑面积、安全鉴定机构的名称和资质、检测人员的姓名和持证情况等。

填写时需要认真核对各项信息，确保准确无误，以保证证明的有效性和可靠性。