从法律角度上看，如果厂家能够提供充分的证据证明所扣款项的合理性，那么基于串货的原因扣款是可以合法的。但是，如果扣款不符合合同约定或者厂家未能提供充分的证据证明所扣款项的合理性，那么扣款就是不合法的，客户可以通过法律手段维护自己的权益。因此，厂家需要注意遵守合同约定，避免出现有争议的扣款行为。