上海新能源违章5次的计算时间取决于具体的出现违章的时间点，从第一起违章开始计算，每次违章后会累计一次，直到达到5次为止。因此，如果所有违章都是在同一时间段内发生的，那么从该时间点开始计算；如果是分散在不同时间段内的，那么应该从第一次违章开始累计。为避免违章记录的影响，一定要在规定时限内处理违章，以保持良好的驾驶记录。