对于农村一楼商住自建房，合适的层高应该在3-3.5米左右。这个高度可以满足商铺和住宅的需求，营造舒适的居住环境，也有利于商铺的展示和宣传。

另外，在经济条件允许的情况下，可以考虑采用高层结构，充分利用建筑空间，提高商住楼的使用价值。但是同时要注意施工质量和安全问题，确保建筑物稳固耐用。