果糖代谢的主要在肝脏，其次是小肠和肾脏。

摄入的果糖，首先在转运蛋白glut5的帮助下进入小肠，被转化为1-磷酸果糖、葡萄糖和脂肪酸；小肠也有果糖代谢的相关酶，能促进果糖代谢为葡萄糖、乳酸、乳糜等。

然后，果糖在转运蛋白glut2的帮助下进入肠细胞和门静脉，并被运输进入肝脏；有些数据显示，摄入的果糖约85.5%进入肝脏。

在肝细胞内，果糖在酶的作用下被转化为1-磷酸果糖；1-磷酸果糖的去路有三条：葡萄糖、丙酮酸（乳酸）和脂肪酸。