房子有纠纷，卖了之后协议仍然有效。然而，如果卖家知ingly隐藏房屋纠纷并欺骗购买方，购买方可以提出民事诉讼并要求撤销协议，要求退还购买款项和相应的损害赔偿。

如果没有这样的情况，协议应该仍然有效，但是购买方可能需要解决房屋纠纷并承担相应的费用。