深市ETF和沪市ETF的主要区别体现在以下几个方面：

交易指令不同：沪市有5种申报方式，深市有7种申报方式，交易指令相对更丰富。

单笔申报数量不同：沪市单笔申报限价30张、市价10张，深市限价50张，市价10张，对于交易量大的投资者而言，深市下单更方便。

备兑开仓锁券不同：沪市开仓平仓均需分两步操作，在开仓时需先锁券、再开仓，在平仓时需先解锁、再平仓。深市开仓和平仓时，均是自动锁券和解锁，仅一步操作。

对备兑券不足的处理方式不同：针对备兑券不足情形，沪市采取补足标的券或强平，深市采取备兑仓转普通仓。

组合策略申报时间不同：沪市组合策略申报时间为9:3011:30、13:0015:00，深市为9:159:25、9:3011:30、13:00~15:00。深市在集合竞价阶段可以申报组合，申报时间段更长，资金使用效率更高。

限仓管理上的区别：对于同时开立多个衍生品账户的投资者，沪市在限仓管理上不合并计算，深市合并计算。

总的来说，深市ETF和沪市ETF在交易指令、单笔申报数量、备兑开仓锁券、对备兑券不足的处理方式、组合策略申报时间和限仓管理等方面都存在差异。投资者在选择ETF产品时，需要根据自己的投资需求和风险承受能力来选择适合自己的产品。