港澳通行证是一种特殊的证件，只适用于持有者前往香港或澳门地区。如果持有者在出境过程中被海关盘查，可能是由于以下原因：身份证件不全、个人信息有误、涉嫌违法犯罪、持有可疑物品等。

海关会对持有人以及其随身物品进行严格的检查和审查，以保障国家的边境安全和社会的稳定。因此，持有港澳通行证出境时应认真遵守有关规定，并避免违法犯罪行为。