是的，第三代江淮瑞风S3有导航协议盒。导航协议盒是车载导航系统的核心组件之一，它可以实现定位、路径规划、导航等功能。在第三代江淮瑞风S3中，导航协议盒是与整车电控系统相连的一种电子设备，通过高精度地获取车辆位置信息和实时路况数据，为车主提供智能导航服务。此外，第三代江淮瑞风S3的导航协议盒还支持语音控制、实时路况预警、多路径选择等功能，为车主提供更加便捷和舒适的驾驶体验。总之，第三代江淮瑞风S3的导航协议盒是该车的一项重要配置，能够极大地提高车主的出行效率和安全性。