如果在深圳车牌过户后想要保留指标，首先需要进行车辆迁移登记，然后申请车辆备案，获得备案号后再进行网络预约保留车牌指标的操作。

预约成功后在规定时间内办理车辆注销手续，携带备案号和车辆注销证明到指定地点领取车牌指标。需要注意的是，保留车牌指标的费用需要根据规定时间进行缴纳。