羊肚菌原机状态是在土壤中与树木的根部共生，形成了一种菌根的结构，通过与树木的相互作用实现营养的共享。

当树木光合作用后，将部分有机物质输送到根部，并与羊肚菌的菌丝形成“菌根”，使得菌根中的羊肚菌能够吸收到树木产生的养分，同时羊肚菌也能够通过菌根向根部输送自己分泌的有机酸，促进树木的生长，从而实现双方的共生。因此，在自然状态下，羊肚菌的原机状态是在与树木共生的菌根中，与周围环境形成相对独立的生态系统。