器质性痘坑与非器质性痘坑的主要区别在于它们的成因和形态。

非器质性痘坑通常是由于痘痘发炎导致的暂时性凹陷，这种痘坑通常会在炎症消退后逐渐恢复。这种类型的痘坑通常比较浅，只涉及到表皮或真皮上层，而且周围皮肤比较平滑，没有明显的组织病变。

而器质性痘坑则是由于痘痘炎症严重，或者处理不当导致的真皮深层或皮下组织的缺损，这种痘坑很难自行恢复。这种痘坑通常比较深，形态不规则，有些还伴有明显的组织增生或瘢痕形成。

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