金灯菩提果的颜色是天然的。根据文献记载，金灯菩提果是一种来自菩提树的果实，其外部表皮呈褐色，内部则呈浅黄色。这种果实不需要人工染色或处理，本身的颜色就是自然形成的。由于常年生长在阳光充足的地区，金灯菩提果中所含的丰富营养成分以及颜色都具有自然的特性。因此可以得出结论，金灯菩提果的颜色是天然的。