工程结束项目在审核后期还产生五险一金的支出，可能是由于以下原因：

1. 员工社保和公积金缴纳基数调整：工程项目的员工数量和薪资在项目期间可能会有所变化，导致社保和公积金缴纳基数需要调整。

2. 员工社保和公积金补缴：在工程项目期间，可能存在员工社保和公积金欠缴的情况，审核后期需要进行补缴。

3. 支付离职员工社保和公积金：在工程项目期间，可能会有员工离职，离职员工的社保和公积金需要在审核后期支付完毕。

4. 支付相关手续费：社保和公积金的缴纳涉及相关手续费，如银行扣缴手续费等。

5. 其他支出：在工程项目期间，可能会发生一些与社保和公积金相关的其他支出，如因员工工伤或生育等产生的支出。

在处理这种情况时，建议采取以下措施：

1. 核实支出原因：核实产生该笔支出的原因，确保其合理性和合规性。

2. 确认支付责任：确认该笔支出的支付责任方，如属于工程项目期间欠缴的员工社保和公积金，应由工程项目负责人承担支付责任。

3. 调整预算：如该笔支出不在原工程项目的预算范围内，需对预算进行调整。

4. 沟通协商：与相关方进行沟通协商，达成一致意见，确保支出得到妥善处理。

5. 记录和报告：记录该笔支出的具体情况，及时向上级或相关方进行报告，确保信息的透明度和准确性。

需要注意的是，五险一金支出在工程结束项目审核后期产生的情况可能较为复杂，涉及多个方面和利益方，应谨慎处理，确保合法合规。