指示菌和致病菌在以下三个方面存在区别：

含义不同：指示菌是指一类能够指示某种环境或介质中存在的细菌种类或类别的微生物。它们通常用于环境监测、食品安全、生物安全等领域，以评估和监测特定环境或介质中的微生物污染情况。而致病菌则是指能够引起人类或动物疾病的细菌、病毒、真菌等微生物。

作用不同：指示菌的作用主要是指示环境中微生物的存在和种类，而不是直接引起疾病。它们通常存在于环境中的正常菌群中，但当环境发生变化或受到污染时，指示菌的数量和种类也会发生变化，从而可以提示环境中的异常情况。而致病菌的作用则是直接引起人类或动物疾病，对人类或动物的健康造成危害。

检测方法不同：指示菌的检测方法通常包括培养法、计数法、分子生物学方法等，以确定指示菌的数量和种类。而致病菌的检测方法则更加复杂，通常需要进行一系列的实验和检测，以确定致病菌的种类和数量，并评估其对人类或动物的危害程度。

总之，指示菌和致病菌在含义、作用和检测方法等方面存在明显的区别。