灵活就业人员医保报销比例是：在一个结算年度内，发生符合报销范围的10万元以下的医疗费，三级医院起付标准为659元，报销比例为50%上限为2000元，二级医院住院起付标准为300元，报销比例为55%，一级医院不设起付标准，报销比例为60%。